VIDRAFT, yeni sıtma ilacı adaylarının tasarlanmasını ve incelenebilir bir sıralama tablosu üzerinden değerlendirilmesini amaçlayan herkese açık bir yarışma olan Open Discovery Challenge’ın ilk sezonunu başlattı. İlk sezon, sıtma parazitinde bulunan PfDHODH enzimine odaklanıyor ve Hugging Face blogunda yayımlanan makaleye göre, insan eşdeğeri Human DHODH’nin inhibisyonunu dışlıyor; çünkü insan enzimini hedef almak enfeksiyonu tedavi etmek yerine bağışıklığın baskılanmasıyla ilişkilendiriliyor.
Sezonun adı Open Discovery Challenge #1 — Malaria ve yarışma 30 Eylül 2026’da sona eriyor. Sezon sonunda en üst sırada yer alan başvuru 1.000 dolar ödül alacak. VIDRAFT, ödülün harcanan zamanın veya model kullanımının tam karşılığı olmadığını; bunun, ihmal edilen hastalıkların ilaçları alanındaki katkıları kaydetmenin bir yolu olduğunu belirtiyor. Girişime sponsorların katılması hâlinde ödül değerlerinin artırılabileceği de ifade ediliyor.
Girişim neden doğrulamaya odaklanıyor?
Makale, yapay zekâ modellerinin artık tek bir günde binlerce aday molekül üretebildiğini, ancak tasarımdaki bolluğa doğrulamada benzer bir genişlemenin eşlik etmediğini belirtiyor. Model, ikna edici görünen bir kimyasal yapı önerebilir; ancak bu yapının paraziti öldürüp öldürmediğini, hastaya zarar verip vermediğini, üretilebilir olup olmadığını veya hücre içinde gerçekten hedefine ulaşıp ulaşmadığını tek başına kesinleştiremez.
VIDRAFT, moleküler bağlanma, hücre içi aktivite tahmini, emilim, dağılım, metabolizma ve toksisite özellikleri, seçicilik ve üretilebilirliği kapsayan hesaplamalı değerlendirmeler aracılığıyla doğrulama araçlarını daha geniş ölçekte erişilebilir kılmayı amaçladığını söylüyor. Sıralama tablosu, katılımcıların sınıflandırıcının ayırt etme kapasitesini inceleyebilmesi için referans ilaçları ve etkisiz bileşikleri yeni başvuruların yanında gösteriyor; böylece katılımcılar yalnızca organizatörün vaatleriyle yetinmek zorunda kalmıyor.
Sıralama tablosu açılmadan önceki testler
Makale, sınıflandırıcının oluşturulmasının yarışma başlatılmadan önce 14 kusuru ortaya çıkardığını açıklıyor. Sorunlardan biri, ilk toksisite eşiklerinin onaylanmış sıtma ilaçlarını ve kahveyi de reddetmesiydi; bunun nedeni kalp ve karaciğer toksisitesi modellerinin büyük ve lipofilik moleküllere karşı önyargılı olmasıydı. Bu nedenle VIDRAFT, herhangi bir katılımcıyı elemek için bir eşik kullanılmadan önce onaylanmış ilaçların geçmesine izin verilmesini şart koşan bir kural benimsedi.
Kurum ayrıca bağlanma verimliliğinin yalnızca molekül boyutuna göre hesaplanmasının, zayıf bağlanan küçük molekülleri gereğinden fazla ödüllendirebildiğini buldu; kahve, klinik aday DSM265 ile neredeyse aynı puanı alıyordu. Bunu düzeltmek için asgari bir terapötik güç eşiği eklendi. Başka bir testte hücre içi aktivite modeli, eğitim verilerinde yeterli başarısızlık kaydı bulunmadığı için kahvenin 1 mikromolar konsantrasyonda aktif bir bileşik olacağını tahmin etti. 5.190 başarısızlık kaydı eklenip yeniden eğitim yapıldıktan sonra DSM265 ile kahve arasındaki fark 1,00’den 1,74 logaritmik birime genişledi.
Makale ayrıca yerleştirme testinin bilinen bir bileşik için yanlış bir değer döndürdüğünü ve daha sonra çağrı yolunun kendisinin devre dışı olduğunun keşfedildiğini belirtiyor. Kimyasal parmak izlerinin hesaplanmasında yanlış bir işlev adı kullanılması da hata vermeden normal görünen sonuçlara yol açtı; sorun, düzenli bir doğrulama sürecinde ortaya çıkarıldı. Güven aralığı testinde ölçülen kapsama oranı yüzde 90 yerine yüzde 83 oldu; bunun üzerine VIDRAFT düzeltme marjını genişletti ve ölçülen oran yüzde 90,01’e ulaştı.
Başvurular nasıl değerlendiriliyor?
Yarışma, PfDHODH’yi inhibe eden ve parazit içindeki hedefe ulaşan, ancak Human DHODH’den kaçınan bileşiklerin tasarlanmasını istiyor. Değerlendirme çerçevesi hücre içi aktivite, hedefe bağlanma, seçicilik, ADMET özellikleri, yenilik ve üretilebilirliği kapsıyor. Hücre içi aktivite 30 puan, hedefe bağlanma 20 puan, ADMET 15 puan, yenilik 10 puan ve üretilebilirlik 5 puan değerinde; makalede seçicilik bağımsız bir eksen olarak gösteriliyor, ancak yayımlanan tabloda bu eksene ait puan belirtilmiyor.
Yenilik, terapötik güçten etkileniyor; yeni ancak aktif olmayan bir bileşik bu eksende pratik bir değer elde edemiyor. Bilinen bir ilaca yakın bir analog da yenilik puanlarını kaybediyor. Belirsiz tahminlerin puanları düşürülüyor; öngörülen mutasyonlara sahip veya aşırı çözünmez bileşikler ise otomatik olarak reddedilmek yerine temiz başvuruların altında sıralanıyor.
Katılım ve mülkiyet kuralları
OpenAI, Claude, Gemini, Qwen, KIMI ve DeepSeek’in yanı sıra açık ağırlıklı modeller de dâhil olmak üzere herhangi bir model kullanılabilir; ardından kimyasal yapı SMILES veya InChI biçiminde gönderilebilir. Molekül kütlesi 550’yi aşan, kovalent reaktif gruplar veya PAINS motifleri içeren ya da daha önce kaydedilmiş bir başvuruyla eşleşen bileşikler reddediliyor. Yalnızca moleküler formüller de çok sayıda izomeri temsil edebilecekleri için reddediliyor.
VIDRAFT, gönderilen molekülün mülkiyetinin katılımcıda kaldığını; patent veya mülkiyet hakkı almadığını, yapıyı üçüncü taraflara aktarmadığını ve kendi iş akışında kullanmadığını söylüyor. Katılımcı yapıyı özel tutabilir, ancak yapı değerlendirme amacıyla VIDRAFT bünyesinde saklanmaya devam ediyor. Yapının kamuya açık şekilde yayımlanması patent alma olanağını etkileyebilir; çünkü yayımlama bir açıklama niteliğindedir. Bu nedenle girişim, ticari amaç taşıyan kişileri başvuru yapmadan önce yayımlama konusunda uyarıyor.
VIDRAFT, makalenin sonunda sunulan sonuçların adaylara ilişkin hesaplamalı değerlendirmeler olduğunu; deneysel ölçümler veya etkinlik ya da güvenlik iddiaları olmadığını ve onaylanmış ilaçlarla karşılaştırmalı bir sıralamayı temsil etmediğini vurguluyor. Deneysel doğrulama ayrı bir aşama olarak kalıyor.