VIDRAFT открыла первый сезон Open Discovery Challenge — публичного конкурса, направленного на разработку новых кандидатов в препараты против малярии и их оценку через проверяемую рейтинговую таблицу. Первый сезон сосредоточен на ферменте PfDHODH, присутствующем в паразите малярии, с исключением ингибирования его человеческого аналога Human DHODH, поскольку воздействие на человеческий фермент связано с подавлением иммунитета, а не с лечением инфекции, согласно материалу, опубликованному в блоге Hugging Face.
Сезон называется Open Discovery Challenge #1 — Malaria и завершится 30 сентября 2026 года. Участник, занявший первое место в конце сезона, получит приз в размере 1 000 долларов. VIDRAFT заявляет, что размер приза не является полной компенсацией затраченного времени или вычислительных ресурсов моделей, а служит способом зафиксировать вклад в область лекарственных средств для забытых заболеваний; при присоединении спонсоров к инициативе размер призов может увеличиться.
Почему инициатива сосредоточена на проверке?
Материал исходит из того, что модели искусственного интеллекта уже способны создавать тысячи молекул-кандидатов за один день, однако рост объёма проектирования не сопровождался сопоставимым расширением проверки. Модель может предложить химическую структуру, которая выглядит убедительно, но сама по себе не определяет, убивает ли она паразита, наносит ли вред пациенту, может ли быть произведена или действительно достигает своей мишени внутри клетки.
VIDRAFT заявляет, что задача заключается в более широком доступе к инструментам проверки посредством вычислительных оценок, включающих молекулярное связывание, прогноз внутриклеточной активности, свойства всасывания, распределения, метаболизма и токсичности, селективность и пригодность к производству. В рейтинговой таблице наряду с новыми заявками представлены эталонные препараты и неактивные соединения, чтобы участники могли проверять способность классификатора различать их, а не ограничиваться обещаниями организаторов.
Проверки до открытия рейтинговой таблицы
В материале объясняется, что создание классификатора выявило 14 дефектов до запуска конкурса. Среди проблем было то, что первоначальные пороги токсичности отклоняли одобренные противомалярийные препараты, а также кофе, из-за смещения моделей кардио- и гепатотоксичности против крупных и липофильных молекул. Поэтому VIDRAFT приняла правило, согласно которому одобренным препаратам необходимо позволять проходить проверку до применения любого порога для исключения участников.
Организация также обнаружила, что расчёт эффективности связывания исключительно с учётом размера молекулы может чрезмерно вознаграждать небольшие молекулы со слабым связыванием: кофе едва не сравнялся с клиническим кандидатом DSM265. Для решения этой проблемы был добавлен минимальный порог терапевтической силы. В другом тесте модель внутриклеточной активности предсказала для кофе активность соединения при концентрации 1 микромоль, поскольку в обучающих данных было недостаточно записей о неудачах. После добавления 5 190 записей о неудачах и повторного обучения разрыв между DSM265 и кофе увеличился с 1,00 до 1,74 логарифмической единицы.
В материале также упоминается, что тест докинга возвращал неправильное значение для известного соединения; позднее выяснилось, что сам путь вызова был неисправен. Кроме того, использование неправильного имени функции при расчёте химических отпечатков приводило к результатам, которые выглядели нормальными, не вызывая ошибки; проблему выявила периодическая проверка. В тесте доверительных интервалов измеренное покрытие составило 83% вместо 90%, поэтому VIDRAFT расширила поправочный диапазон, пока измеренная доля не достигла 90,01%.
Как оцениваются заявки?
Конкурс требует разработать соединения, ингибирующие PfDHODH и достигающие мишени внутри паразита, при этом избегая воздействия на Human DHODH. Система оценки включает такие направления, как внутриклеточная активность, связывание с мишенью, селективность, свойства ADMET, новизна и пригодность к производству. За внутриклеточную активность начисляется 30 баллов, за связывание с мишенью — 20, за ADMET — 15, за новизну — 10, за пригодность к производству — 5 баллов, тогда как селективность представлена как отдельное направление без указания числа баллов в опубликованной таблице.
На новизну влияет терапевтическая сила: новое неактивное соединение не получает практической ценности по этому критерию, а близкий аналог известного препарата теряет баллы за новизну. Оценки неопределённых прогнозов снижаются, тогда как соединения с ожидаемыми мутагенными свойствами или крайне низкой растворимостью помещаются ниже чистых заявок, а не отклоняются автоматически.
Правила участия и право собственности
Можно использовать любую модель, включая OpenAI, Claude, Gemini, Qwen, KIMI, DeepSeek и модели с открытыми весами, а затем отправить химическую структуру в формате SMILES или InChI. Отклоняются соединения с молекулярной массой более 550, содержащие ковалентные реакционноспособные группы или мотивы PAINS, а также совпадающие с ранее зарегистрированной заявкой; одни только молекулярные формулы также отклоняются, поскольку могут соответствовать нескольким изомерам.
VIDRAFT заявляет, что право собственности на отправленную молекулу остаётся у участника, а организация не получает патентных или имущественных прав, не передаёт структуру третьим сторонам и не использует её в собственном рабочем процессе. Участник может сохранить структуру в тайне, однако она всё равно будет храниться у VIDRAFT для целей оценки. Публичное раскрытие может повлиять на возможность получения патента, поскольку публикация является раскрытием информации; поэтому инициатива предупреждает участников с коммерческими намерениями не публиковать структуру до подачи заявки.
В завершение материала VIDRAFT подчёркивает, что представленные результаты являются вычислительными оценками кандидатов, а не экспериментальными измерениями или утверждениями об их эффективности либо безопасности, и что они не представляют собой рейтинг по сравнению с одобренными препаратами. Экспериментальная валидация остаётся отдельным этапом.