VIDRAFT는 Open Discovery Challenge의 첫 번째 시즌을 시작했다. 이는 새로운 말라리아 약물 후보를 설계하고 검사 가능한 순위표를 통해 평가하는 공개 도전 과제다. 첫 번째 시즌은 말라리아 기생충에 존재하는 PfDHODH 효소에 초점을 맞추며, 인간 상동 효소인 Human DHODH의 억제는 제외한다. Hugging Face 블로그에 게시된 자료에 따르면 인간 효소를 표적으로 삼는 것은 감염 치료가 아니라 면역 억제와 관련되기 때문이다.
이번 시즌의 명칭은 Open Discovery Challenge #1 — Malaria이며, 2026년 9월 30일에 종료된다. 시즌 종료 시 가장 높은 순위를 차지한 제출물에는 1,000달러의 상금이 수여된다. VIDRAFT는 이 상금이 참가자의 시간이나 모델 사용 비용을 완전히 보상하는 것이 아니라, 소외된 질병 치료제 분야의 기여를 기록하기 위한 수단이라고 말한다. 또한 후원자가 이 계획에 참여할 경우 상금 규모가 늘어날 가능성도 있다.
왜 이 계획은 검증에 초점을 맞추는가?
이 자료는 인공지능 모델이 하루 만에 수천 개의 후보 분자를 생성할 수 있게 되었지만, 설계의 풍부함이 검증의 확대를 동반하지는 않았다는 점에서 출발한다. 모델은 설득력 있어 보이는 화학 구조를 제안할 수 있지만, 그 구조가 기생충을 죽이는지, 환자에게 해를 끼치는지, 제조 가능한지, 또는 실제로 세포 안에서 표적에 도달하는지는 스스로 확정할 수 없다.
VIDRAFT는 분자 결합, 세포 내 활성 예측, 흡수·분포·대사·독성 특성, 선택성 및 제조 가능성을 포함한 계산 평가를 통해 검증 도구를 더 넓은 규모로 이용할 수 있게 하는 것이 과제라고 말한다. 순위표에는 새로운 제출물과 함께 기준 약물 및 비활성 화합물도 표시된다. 이를 통해 참가자들은 주최 측의 약속에만 의존하지 않고 분류기가 구별 능력을 갖추었는지 검사할 수 있다.
순위표를 공개하기 전의 테스트
자료에 따르면 분류기를 구축하는 과정에서 도전 과제 출시 전에 14개의 결함이 발견됐다. 문제 중 하나는 초기 독성 기준이 승인된 말라리아 치료제와 커피까지 거부했다는 점이다. 심장 및 간 독성 모델이 크고 친유성인 분자에 편향되어 있었기 때문이다. 이에 VIDRAFT는 참가자를 제외하기 위한 어떤 기준을 적용하기 전에 승인된 약물이 통과할 수 있어야 한다는 규칙을 채택했다.
또한 분자 크기만으로 결합 효율을 계산하면 결합력이 약한 작은 분자에 지나치게 높은 보상을 줄 수 있다는 사실도 발견됐다. 커피가 임상 후보 물질 DSM265와 거의 동률을 이룬 사례가 그 예다. 이를 해결하기 위해 최소 치료 효능 기준이 추가됐다. 또 다른 테스트에서는 세포 내 활성 모델이 커피를 1마이크로몰 농도에서 활성 화합물일 것으로 예측했다. 학습 데이터에 실패 기록이 충분히 포함되지 않았기 때문이다. 5,190개의 실패 기록을 추가하고 재학습한 뒤 DSM265와 커피 사이의 격차는 1.00 로그 단위에서 1.74 로그 단위로 확대됐다.
자료는 도킹 테스트에서 알려진 화합물에 잘못된 값이 반환된 사례도 언급한다. 이후 호출 경로 자체가 작동하지 않았다는 사실이 발견됐다. 또한 화학 지문 계산에서 잘못된 함수명을 사용했지만 오류가 발생하지 않아 결과가 정상적으로 보였고, 정기적인 검증 과정에서야 문제가 드러났다. 신뢰 구간 테스트에서는 측정된 적용 범위가 90%가 아니라 83%에 그쳤다. 이에 VIDRAFT는 보정 여유 폭을 확대했고, 측정 비율은 90.01%에 도달했다.
제출물은 어떻게 평가되는가?
이 도전 과제는 PfDHODH를 억제하고 기생충 내부의 표적에 도달하면서 Human DHODH는 피하는 화합물의 설계를 요구한다. 평가 체계는 세포 내 활성, 표적 결합, 선택성, ADMET 특성, 신규성 및 제조 가능성을 포함한다. 세포 내 활성에는 30점, 표적 결합에는 20점, ADMET에는 15점, 신규성에는 10점, 제조 가능성에는 5점이 부여된다. 한편 선택성은 독립적인 축으로 제시되지만, 공개된 표에는 그 점수가 명시되어 있지 않다.
신규성은 치료 효능의 영향을 받는다. 새롭지만 활성이 없는 화합물은 이 축에서 실질적인 값을 얻지 못하며, 알려진 약물과 유사한 화합물은 신규성 점수를 잃는다. 불확실한 예측에는 점수가 낮게 부여된다. 예상되는 변이나 심각한 불용성을 가진 화합물은 자동으로 거부되는 대신, 문제가 없는 제출물보다 낮은 순위로 분류된다.
참여 및 소유권 규칙
OpenAI, Claude, Gemini, Qwen, KIMI, DeepSeek 및 오픈 웨이트 모델을 포함한 모든 모델을 사용할 수 있으며, 이후 화학 구조를 SMILES 또는 InChI 형식으로 제출할 수 있다. 분자량이 550을 초과하거나, 공유결합성 반응성 작용기 또는 PAINS 패턴을 포함하거나, 이미 등록된 제출물과 일치하는 화합물은 거부된다. 분자식만 제출하는 것도 거부되는데, 하나의 분자식이 여러 이성질체를 나타낼 수 있기 때문이다.
VIDRAFT는 제출된 분자의 소유권이 참가자에게 남으며, 특허권이나 소유권을 취득하지 않고 해당 구조를 제3자에게 이전하거나 자체 파이프라인에서 사용하지 않는다고 말한다. 참가자는 구조를 비공개로 유지할 수 있지만, 평가 목적으로 VIDRAFT에 저장된 상태로 남는다. 반면 이를 공개적으로 발표하면 특허 취득 가능성에 영향을 미칠 수 있다. 공개 발표가 공개 disclosure에 해당하기 때문이다. 따라서 이 계획은 상업화를 염두에 둔 참가자들에게 출원 전에 공개하지 말라고 경고한다.
VIDRAFT는 자료의 마지막에서 제시된 결과가 후보 물질에 대한 계산 평가일 뿐, 효능이나 안전성에 대한 실험 측정 또는 주장이 아니며, 승인된 약물과의 비교 순위를 나타내지도 않는다고 강조한다. 실험적 검증은 별도의 단계로 남아 있다.