VIDRAFTは、Open Discovery Challengeの第1シーズンを開始した。これは、マラリアに対する新たな治療薬候補を設計し、検証可能なランキングで評価する公開チャレンジである。第1シーズンでは、マラリア原虫に存在するPfDHODH酵素に焦点を当て、ヒトの相同酵素であるHuman DHODHの阻害は除外する。Hugging Faceのブログ記事に掲載された内容によれば、ヒト酵素を標的にすると、感染症の治療ではなく免疫抑制につながるためである。
シーズン名はOpen Discovery Challenge #1 — Malariaで、2026年9月30日に終了する。シーズン終了時に最高順位となった提出物には、1,000ドルの賞金が贈られる。VIDRAFTは、賞金の価値は時間やモデルの計算資源の消費を完全に補償するものではなく、顧みられない病気の治療薬分野への貢献を記録する手段だとしている。また、支援者が取り組みに参加すれば、賞金額が増える可能性がある。
なぜこの取り組みは検証に重点を置くのか？
記事では、人工知能モデルが1日で数千の候補分子を生成できるようになった一方、設計の豊富さに見合う検証の拡大は実現していないと説明している。モデルは説得力のある化学構造を提案できるが、それだけでは、その分子が原虫を殺すのか、患者に害を及ぼすのか、製造できるのか、あるいは実際に細胞内の標的へ到達するのかを判断できない。
VIDRAFTは、分子結合、細胞内活性の予測、吸収・分布・代謝・毒性の特性、選択性、製造可能性を含む計算評価を通じて、より広い規模で検証ツールを利用可能にすることが課題だとしている。ランキングには、基準薬や不活性化合物も新たな提出物とともに掲載されるため、参加者は運営者の約束だけに頼らず、分類器が識別能力を持つかを検証できる。
ランキング公開前のテスト
記事によれば、分類器の構築過程で、チャレンジ開始前に14件の欠陥が明らかになった。問題の一つは、初期の毒性閾値が承認済みの抗マラリア薬を拒否し、さらにコーヒーまで拒否したことである。これは、心臓および肝臓毒性モデルが、大きく脂溶性の高い分子に不利な偏りを持っていたためだった。そこでVIDRAFTは、参加者を除外するための閾値を用いる前に、承認済み医薬品を通過させなければならないという規則を採用した。
また、分子サイズだけに基づいて結合効率を算出すると、弱く結合する小分子を過度に評価する可能性があることも判明した。コーヒーは臨床候補薬DSM265とほぼ同点になったため、この問題に対処するため最低限の治療力閾値が追加された。別のテストでは、細胞内活性モデルがコーヒーについて、1マイクロモル濃度で活性化合物であると予測した。これは、訓練データに失敗記録が十分含まれていなかったためである。5,190件の失敗記録を追加して再訓練したところ、DSM265とコーヒーの差は1.00から1.74対数単位に広がった。
記事では、ドッキングテストが既知化合物について誤った値を返し、その後、呼び出し経路自体が壊れていたことが判明したことも述べている。また、化学フィンガープリントの計算で誤った関数名を使用した結果、エラーを発生させずに正常に見える結果が出ていたが、定期的な検証によって問題が発見された。信頼区間のテストでは、測定されたカバレッジが90%ではなく83%にとどまったため、VIDRAFTは補正幅を広げ、測定値を90.01%まで引き上げた。
提出物はどのように評価されるのか？
チャレンジでは、PfDHODHを阻害し、原虫内の標的に到達しながら、Human DHODHを回避する化合物の設計が求められる。評価基準には、細胞内活性、標的結合、選択性、ADMET特性、新規性、製造可能性が含まれる。細胞内活性には30点、標的結合には20点、ADMETには15点、新規性には10点、製造可能性には5点が与えられる。一方、選択性は独立した項目として示されているが、公開された表ではその点数は特定されていない。
新規性は治療力の影響を受ける。新規であっても活性のない化合物はこの項目で実質的な価値を得られず、既知の薬剤に近い類似体も新規性の点数を失う。不確実な予測は減点される一方、予測上の変異や極端な不溶性を持つ化合物は自動的に拒否されず、問題のない提出物より下位に分類される。
参加規則と所有権
OpenAI、Claude、Gemini、Qwen、KIMI、DeepSeek、オープンウェイトモデルを含め、どのモデルでも使用でき、その後、化学構造をSMILESまたはInChI形式で提出する。分子量が550を超える化合物、共有結合性の反応基を含む化合物、PAINSパターンを持つ化合物、過去に登録された提出物と一致する化合物は拒否される。また、分子式だけの提出も、複数の異性体を表し得るため拒否される。
VIDRAFTによれば、提出された分子の所有権は参加者に残り、VIDRAFTが特許権または所有権を取得することはなく、その構造を第三者に移転したり、自社のパイプラインで使用したりすることもない。参加者は構造を非公開のままにできるが、評価目的でVIDRAFTに保存され続ける。一般公開すると特許取得可能性に影響する場合がある。公開は開示に当たるためであり、そのため、商業化を意図する者には出願前に公開しないよう取り組みは警告している。
VIDRAFTは記事の最後に、提示される結果は候補化合物の計算上の評価であり、実験的測定でも、その有効性や安全性の主張でもなく、承認済み医薬品との比較ランキングを示すものでもないと強調している。実験的検証は、引き続き別の段階である。